Το Kτήριο 6 χτυπήθηκε από σεισμό και στη συνέχεια κατεδαφίστηκε. Πριν όμως οι ιδιοκτήτες του το ξαναχτίσουν η έκρηξη της Θήρας εναπόθεσε παχύ στρώμα στάχτης, που σε ορισμένα σημεία έφτανε τα 12 εκ. και το κτήριο εγκαταλείφθηκε οριστικά. Στη θέση του ανοίχθηκαν δύο πηγάδια που αντικατέστησαν τα παλαιότερα πηγάδια του Kτηρίου 5 και του Τομέα B, τα οποία αχρηστεύθηκαν πιθανώς λόγω μόλυνσής τους από στάχτη.